Sunday, September 18, 2016

アメリカ人、文章書くのが大好き

この国は文章書いてなんぼ(?)である。

例。
NIHのRシリーズ(一般的な研究費申請書)の募集要項102ページ。しかも半年ごとぐらいにバージョンが変わって、いろんなことを変更しなければならない。 さらにそのSupplement(補講?)の募集要項100ページ。

ありえーん!

読む気もせーん!

この前までは他のシリーズのも一緒くたになっていたので、さらに情報探すのがややこしかったが、シンプルにしても100ページ。ありえへん。しかもPDFのタイトル(左に出てくるやつ)が使えん。。。。昨日はそのSupplementの中をウロウロしたあげく、結局わからずじまい。同僚に明日聞いてみよう。

ブツブツ言っても仕方がないのだが、長々だらだらと英語をかける人がいっぱいいるにちがい無い。信じられん。
あまりにもいろんなことがややこしいので、それを手伝う人たちが雇われて、それで雇用が成り立っているというのが私の感想である。

昔のIg Noble賞を思い出した。
An interim report about the report about reports about reports
もちろん受賞者はThe US Governmentである。

ついでに思い出した。
Plain Writing Act of 2010: Federal Agency Requirements
こっちもどうなった?

今日の教訓 文章(英語)書いてなんぼ!

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映画ツイスターに見る研究費獲得方法

Saturday, September 17, 2016

DNA電気泳動のバッファー検討しなおし+エチジウムブロマイドの神話

今日の大発見。

発見その1
学生2人に実験を教えているのだが、授業があるので学生は忙しすぎて時間がなかなか取れないのである。それでDNA電気泳動を早く終わらせるにはどうすればいいか、調べていたのである。
日本で所属していたラボではTBE buffer
ドイツで所属していたラボではTAE buffer
アメリカのラボではTAE buffer

日本でいたときのほうが泳動早く済んでいたような?と思ってインターネットでTAEとTBEの違いを調べようと思ったらこんなのを発見。

Which is Best: TAE, TBE or Something Else? (BitesizeBio)

Is this true that we have better alternatives to TAE and TBE Buffers for agarose gel electrophoresis? (ResearchGate)
ディスカッションにオリジナルの論文が載っている。ダウンロードして読んでみた。

なんと誰かがバッファーを検討しなおして、voltageを上げても大丈夫なbufferを作ったそうな。しかもTAEやTBEよりも安い!!!!なんと!!!!!!検討の価値あり。来週さっそく試薬を購入して学生に試してもらおう。

Faster, Cooler DNA gels (BitesizeBio)から組成を引用。
10mM sodium boric acid (Na2B4O7/Borax)
For standard applications (separation of DNA fragments from 100bp-5kbp).
Our lab’s standard DNA gel buffer has become 20 g of Borax into 1 l of water which gives a 20x stock solution. Small gels run in 10-15 minutes at 200V.

5mM lithium acetate (LiOOCCH3, CAS:546-89-4)
For separation of fragments longer than 3 kbp.

1mM lithium boric acid (Li2B4O7, CAS:12007-60-2)
For separating small DNA fragments and ssDNA

元の文献知りたい人はこっちをどうぞ。
Sodium boric acid: a Tris-free, cooler conductive medium for DNA electrophoresis
Ultra-fast high-resolution agarose electrophoresis of DNA and RNA using low-molarity conductive media

Mupid(アメリカでも売ってる)に変更したほうが小さいし早いかしらと思っていたのだが、その必要なさそうである。

発見その2
ついでにエチジウムブロマイドをもっと安全性の高いものに変えようかしらと探していた。SYBR greenとかGelRedとかSYBR Safeとかの値段とか使い勝手を調べたらここに行き着いた。
Ethidium Bromide: The Alternatives (またもやBitesizeBio) 高いー。ThermoFisherのウェブサイトとかSigmaAldrichのウェブサイトとかで調べてみたけど、高いー。と、いろいろ調べていたらこんな記事発見。

The Myth of Ethidium Bromide (Science Translational Medicine)
日本語訳「エチジウムブロマイドの神話」

えーーーー!!!!!
4回生の時に研究室に入ってからずーっとエチジウムブロマイドは発がん性があると信じていたのだが、実はそうでもない? 今まで通り大学の指示どおりに処理はするけど、そうピリピリすることもない???? 興味のある方は上の記事を是非とも読んで判断してください。

ついでにBitesizeBioはFeedly(RSS feeder)に登録してー。

ついでに思い出した話。
Lab staple agar hit by seaweed shortage
今でも十分高いけど、これからはさらに値段があがる?再利用の仕方は時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験をどうぞ(笑)

今日の教訓 たまには実験プロコトールの検討しなおしするもんだ。

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時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験

追加情報 一般的なDNA泳動のvoltageの決めかたを発見。
Agarose Gel Electrophoresis Tips & Tricks (ThermoFisher Scientific)
How do you choose the running conditions for agarose gel electrophoresis?
The recommended voltage is 4–10 V/cm (distance between anode and cathode, not the length of the gel) in the gel electrophoresis unit. If the voltage is too low, then the mobility is reduced and band broadening will occur due to diffusion. If the voltage is too high, the band resolution is reduced, mainly because of gel overheating.

新しいバッファーではどこまでvoltageを上げることができるかしら? ふふふ。

Sunday, August 28, 2016

めっちゃ日本的なアメリカの映画

昨日ものすごく日本的なアメリカ製の映画を見た。誰も噂にしてなかったのだが、たまたま「映画でも見に行こうかしら? このアニメなに? IMDbで評価高いじゃん」ということで観に行ったのである。

KUBO AND THE TWO STRINGS


ものすごく日本だった。公開もお盆のある夏でちょうどいい感じ。ちゃんと季節を知ってるのね?
ストーリーとしては、日本の昔ばなしに出てきそうな話であった。それでもその日本の昔ばなし知らないんだけれど、一体どの地方の話かしら?
映画の雰囲気としては、The Secret of Kells (2009)とかSong of the Sea (2014)みたいな感じである。

こっちが映画作成ストーリー。

ようやる。。。。

トレーラー(予告編)の音楽を聞いて、「ビートルズだ!」とわかったが、映画見るまでわからなかった。

While My Guitar Gently Weeps

だそうである。やれやれ曲名わかってホッとしたわ。じゃなかったら全部の曲聞くところだったわ。

今日の教訓 それにしてもどこの昔ばなし?

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人工知能のお国柄?

Thursday, August 18, 2016

ボストン周辺にバイオ系の会社集積中

今日見つけた記事。

大学との提携に力 武田ウェバー社長に聞く(日経新聞)

引用。

武田薬品工業は、新薬の種を探す研究活動と新薬の種を医薬品に仕上げる開発活動の海外拠点として、米国ボストンを中核に位置づけると発表した。英国ケンブリッジの研究拠点を閉鎖し、研究員は日米に集約する。

引用終了

おー。

もう一つ引用。

「日本だけでなく世界共通の課題でもある。いま新たに発売される薬は、半分以上が大手製薬会社が自前で開発したものではない。一説には新薬の約60%が大学やバイオベンチャーによってまず開発が始まり、その後大手に導入されたものだ」
「それだけに大学やバイオベンチャーとの効果的な提携が製薬会社の成長のカギを握る。ボストンという街はイノベーションを生み出す生態系を備えている。理系の大学、病院、ベンチャー企業、投資会社が集積し、ボストンに拠点を構える製薬会社も増えている」

引用終了。

おー。

せっかくなので、その「一説」の記事をここに載せておこう。
The importance of new companies for drug discovery: origins of a decade of new drugs (Nature Reviews Drug Discovery)
前どこかで発見した記事である。こういう情報は大切だもんね(笑)

他の製薬会社も是非来てください。

今日の教訓 ボストン実はすごいところ?

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大学同窓会企画中 (同窓会を企画したら、半分薬学部出身だった話+MITの周辺のバイオ系の会社集積マップ)

Thursday, August 11, 2016

時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験

あついですよ。

なぜかエアコンをつけていないで夏を過ごしている私である。ボストンはいつもは1〜2週間ぐらい耐えたら暑さが終わるので、重くてうるさいエアコンを窓につける気がしないのである。 ところが今年はなぜかいつまでも暑い。今日は35度まで上がり湿気たっぷり、まるで日本を思わせる暑さであった。

そして当然のように大学のラボのエアコンが壊れて、5時間ぐらい暑かった。前買っていた扇風機を皆で取り出して設置したり、コールドルームに逃げ込んだり。あついですよ。

前にとったデータに従って、朝起きたらまず窓を閉めるのであるが。夜11時の外の気温はまだ30度、中は28度である。あついですよ。

さて本題に入って。
「時間と研究費(さいふ)にやさしいエコ実験」が届いた。これ、私も執筆に参加しているのである。お手製ELISAのところである。ELISAものによっては非常に高いので、お手製にしてしまう価値ありである。キットの値段をみるたびに「私もELISAの会社作ったほうが儲かるのでは!」と思うのであるが、今の所そういう話はない。ボストンに来た時にキット(1プレート約5万円)をお手製(1プレート約2000円)に変更して、ラボメンバーと一緒にまさに心置きなく、湯水のように使ったのである。今でもちょっと特殊なELISAキットだと結構な値段するしね。

そのお手製ELISAの話を書いたのを実験医学に載せてもらい、それが単行本になった。

私もついに作家デビュー!!!!

というほど書いてないが、とりあえずCVに書いておこう。2500円もするのでちょっと高いが、2500円なんてのは研究室で使う金額としては全然安いし、節約レベルはものすごいので、「研究に使う実験参考書」ということにして各研究室で購入していただけるとよろしいかも(笑)。あ、でも究極のエコ実験としては、「共通機器」として回し読みかもしれない(大爆笑)。 

さてこの本、読めば読むほど村田先生(編集者であり一番ネタの貢献した人)の計り知れない優秀さがひしひしと感じられる本である。特に唸ったのはベクターのところと、ウェスタンのところとデータベース・ウェブツールのところである。いやはや、世の中にはbrilliantな人がいるものですよ。まったく。

ということで、見習ってデータベース・ウェブツールを使っているところである。お気に入りは
ImmGen (Immunological Genome Project)
ImmGenは遺伝子がどの免疫細胞に発現しているかを検索するツールである。特に(特に!)免疫系Creマウスを使う前に必見。Smartphone Appもある。

Geo2R
発表された論文で使われたGene expression(遺伝子発現)のデータはGEOにアップロードされる。それを簡単に解析するツールである。患者さんのサンプルをふんだんに使用してMicroarrayをするような実験は私のラボでは今のところやってないし、データの宝庫である。「なのに見方わからん!」と思っていたらGEO2Rなるものを見つけたというわけである。私のこのレベルで全然大丈夫だし。
ということで、使い方ビデオ


Geo2Rでは数日かかって、いろんな大切なことを知った(笑)

今日の教訓 作家デビュー?

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